什么是蛋白质 - 蛋白质相互作用?

基本上,任何施加任何类型的蛋白质,对另一个蛋白质的作用,效果或影响的蛋白质与该蛋白质相互作用。然而,在生命科学领域,术语蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)以更具体的方式使用:

  • 它必须涉及直接的物理接触,通常在特定位置和取向(分子对接),并形成蛋白质复合物,永久或瞬态
  • 它必须是非随机的,因此排除所有可能碰到彼此碰撞的蛋白质
  • 它不能是通用的,但必须有特定的用途,不同于完全通用的功能,如蛋白质生产和降解(De Las Rivas和Fontanillo 2009)。

蛋白质 - 蛋白质相互作用的类型

蛋白质 - 蛋白质相互作用可以通过几种方式进行分类(根据Acuner-ozbabacan等。2011年):

  • 基于亲和力,他们可以被归类为义务(如果一个或多个蛋白质是不稳定的体内除非相互作用并形成特定的蛋白质复合物)和非义务相互作用(如果蛋白质可以独立存在)。
  • 可以基于它们形成的复杂性的稳定性来分类非迫使互动,如永恒的短暂的,以及瞬态相互作用虚弱的强的
  • 由于大多数迫使互动是永久性的,并且大多数非迫使相互作用是瞬态的,迫使和永久性有时在文献中可互换使用。

大多数细胞过程受到瞬时PPI调节的,因此对PPI的大部分研究浓缩在这种类型的相互作用上。

可用于研究蛋白质 - 蛋白质相互作用的方法

有几十种方法可以调查PPI,每个方法都有几个优点和缺点,例如,

  • 就他们可以检测的相互作用的类型而言
  • 就它们可以使用的蛋白质类型而言
  • 他们生产的误报和假底片的数量
  • 所需的仪器等。

由于大多数方法产生的大量误报和否定,通常需要使用2或3种不同的方法确认每个相互作用。

大多数方法落入3组方法中的一个:在Silico.体外体内。(Srinivasa Rao等人。2013年):

在Silico.方法使用计算机模型预测蛋白质蛋白质相互作用。它们包括基于序列的方法,基于结构的方法,染色体接近,基因融合,硅2杂交,镜像树,系统发育树和基因基因表达的方法。

体外方法在生物体之外的受控环境中进行。用于PPI检测的体外方法包括串联亲和纯化,亲和色谱法,CoImMunopectionitation,蛋白质阵列,蛋白质片段互补,噬菌体展示,X射线晶体学和NMR光谱。在其中一些(例如,Coimmunopropipitipitipition)相互作用发生在体内,但在细胞或生物的死亡后固定并检测相互作用,因此有时被标记为例如前体内方法。

在活的有机体内方法在活细胞或生物中进行。体内方法的巨大优点是它们保留了互动发生的本地环境。另外,其中一些,如烦恼,是可逆的并且可用于动态地量化蛋白质 - 蛋白质相互作用,这是非常有利的。请按照下面的链接获取有关此类方法的更多信息。

用于研究蛋白质 - 蛋白质相互作用的仪器

上述许多体内方法使用荧光或发光标记。因此,需要测量荧光和/或发光的仪器来使用它们。有许多不同的仪器可用于这种测量,包括微孔板读者,荧光显微镜,体内成像系统, 和别的。每个仪器在性能,灵活性,吞吐量,样本量方面都有不同,最重要的是,它们能够执行蛋白质 - 蛋白质相互作用研究的技术。请按照下面的链接获取有关此应用程序的仪器的更多信息。

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与蛋白质 - 蛋白质相互作用相关的申请说明

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